Mateja Bajt studeerde blokfluit bij Klemen Ramovš, en daarna blokfluit, concertpraktijk en muziekpedagogiek onder meer bij  Hans Maria Kneihs aan de Universiteitl voor Muziek en Drama in Wenen. Vanaf 2009 doceert Mateja Bajt aan het Conservatorium in Ljubljana en de Muziekacademie blokfluit en kamermuziek.

Zij formeerde daar het blokfluitensembles 'Le Phénix' en  'La dolce fiamma'.  Mateja Bajt maakte in 2003 een CD  'Podoba ljubezni' (beeld van de Liefde) met Franse barokmuziek.